結論:気にせずプロジェクトを作成し終わったら、保管庫(Vault)から削除(remove)してください。
削除しても1度Createしたプロジェクトには影響ありません。
ただし、Add to project する系は余裕があれば残しておいた方が便利かもしれません

2014-10-02 18_12_37-Greenshot

保管庫については公式の このページ の下の方をご覧になってください。 
UE4.2の頃の話なので、若干賞味期限切れ気味の話題ですが、

>今回実施されたランチャーのアップデートで主要なものとしては、マーケットプレイスからダウンロードしたものと、ユーザーの有効なプロジェクトとを分離したことが挙げられます。 

>保管庫 - [保管庫] には、マーケットプレイスからダウンロードされたアイテムがすべて含まれています。必要に応じて、[保管庫] から新たなプロジェクトを素早く作成できます。[保管庫] のアイテムは簡単に削除または更新できます。これによって、すでに作成済みのプロジェクトに影響が及ぶことはありません。 

どうも、保管庫に一旦保存したものを元に複製することによってプロジェクトが作成されるようになったようです。
利点として、サンプルプロジェクトを改造してぐちゃぐちゃになっても、保管庫の元データはそのままなので、オリジナルプロジェクトの形状を維持できて便利なのかもしれません。

便利かもしれませんが…なにぶん保存パスを変更できないようで、メインドライブのHDD容量をガリガリ圧迫します。私のノートPCはCドライブが128GBのSSDなのでかなり厳しいです。 
なので私は、サンプルをぐちゃぐちゃに改造する場合、別レベル名で保存するようにしています。
コンテンツブラウザ内の素材まで弄っていたら、厳密には元に戻せなくなると思いますが、
そのときは、必要になったらもう1回DLしてくるという運用でいいでしょう。